Mbappé ble overraskende ikke tatt ut i Frankrikes tropp til nasjonsligaoppgjørene mot Israel og Italia.
– Alle har rett til å gå gjennom en vanskelig tid, både med hensyn til det fysiske og det psykologiske aspektet, sier Deschamps.
Uten Mbappé måtte Frankrike nøye seg med 0-0 mot israelerne torsdag.
Deschamps understreker at Mbappé ønsker å returnere til landslaget.
– Men akkurat nå tror jeg dette er det beste for ham. Han går gjennom en periode i karrieren hvor han ikke er den lykkeligste, sier landslagssjefen.
Siden overgangen fra Paris Saint-Germain til Real Madrid i sommer har ikke Mbappé levert på topp.
Den franske kapteinen gikk også glipp av nasjonsligakampene i oktober. Da var han i rehabilitering etter en skade, men i ettertid har han vært på banen for klubblaget. (NTB)